Stefna Arnarskóla er að veita nemendum skólans framúrskarandi þjónustu með það að markmiði að stuðla að vellíðan, framförum í námi og að ýta undir sjálfstæði nemenda til framtíðar, með sjálfstæði, gleði, fagmennsku og virðingu að leiðarljósi.

Skólinn vill einnig hafa áhrif á skólasamfélagið með því að taka þátt í rannsóknum, vera í samstarfi við háskóla og taka með markvissum hætti þátt í starfsnámi háskólanema. Með þessum hætti vill Arnarskóli vera leiðandi í því að byggja upp þekkingu á árangursríkum starfsháttum innan skólakerfisins svo hægt sé að mæta fjölbreyttum þörfum nemenda og styrkja faglega þekkingu starfsfólks grunnskólanna. Þetta er unnið í samvinnu nemenda, starfsfólks, foreldra og annarra í skólasamfélaginu.