Skipulag og kennsluhættir Arnarskóla markast af þörfum hvers nemanda,  aðalnámskrá grunnskólanna, ásamt stefnu og markmiðum skólans. Hvert barn hefur sína einstaklingsmiðuðu stundaskrá þar sem þarfir og forsendur barna í Arnarskóla til náms geta verið afar ólíkar. Þrátt fyrir þetta þá tekur starf allra nemenda mið af stundaskrá skólans og leitast er við að hvetja nemendur til þess að taka þátt í þessum skipulögðu stundum skólastarfsins.